Matrimonio e Hijos de cesar borgia

El 10 de mayo de 1499 César Borgia se casó con Carlota de Albret (1480–11 de marzo de 1514), hermana del rey consorte de Navarra, Juan III de Albret. De este matrimonio nació una niña a la que César nunca conocería:

• Luisa Borgia, Duquesa de Valentinois, Dama de Chalus, Duquesa de Borgia (1500–1553). Casada con Luis II de La Trémouille, Gobernador de Borgoña y en segundas nupcias con Felipe de Borbón, Señor de Busset.

César fue también padre de al menos dos hijos ilegítimos:

• Girolamo Borgia que se casó con Isabella, Condesa de Carpi;
• Lucrezia Borgia (m. 1573), Abadesa de San Bernardino de Ferrara.